【targetscane預(yù)測(cè)mirna】在生物信息學(xué)研究中，miRNA（微小RNA）的靶基因預(yù)測(cè)是理解其功能和調(diào)控機(jī)制的重要環(huán)節(jié)。其中，TargetScan 是一個(gè)廣泛使用的在線工具，用于預(yù)測(cè) miRNA 的潛在靶基因。它基于保守性、種子區(qū)匹配以及結(jié)合自由能等參數(shù)，為研究人員提供可靠的 miRNA-靶基因相互作用信息。
一、TargetScan 簡(jiǎn)介
TargetScan 是由 MIT 和哈佛大學(xué)聯(lián)合開發(fā)的一個(gè)開放源代碼平臺(tái)，主要用于預(yù)測(cè)哺乳動(dòng)物和植物中的 miRNA 靶基因。該工具通過整合大量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和計(jì)算模型，提供了一個(gè)系統(tǒng)性的 miRNA 靶點(diǎn)識(shí)別方法。
二、TargetScan 的主要功能
1. 靶基因預(yù)測(cè)：根據(jù) miRNA 的序列，預(yù)測(cè)其可能作用的 mRNA 或非編碼 RNA。
2. 保守性分析：評(píng)估 miRNA 靶位點(diǎn)在不同物種間的保守性，提高預(yù)測(cè)的可靠性。
3. 結(jié)合自由能計(jì)算：分析 miRNA 與靶基因之間的結(jié)合穩(wěn)定性。
4. 種子區(qū)匹配：重點(diǎn)分析 miRNA 的 7-8 個(gè)堿基的種子區(qū)域是否與靶基因互補(bǔ)配對(duì)。
5. 結(jié)果可視化：提供圖表和表格形式的結(jié)果展示，便于進(jìn)一步分析。
三、TargetScan 預(yù)測(cè)流程簡(jiǎn)述
| 步驟 | 內(nèi)容說明 |
| 1 | 輸入 miRNA 序列或選擇已知 miRNA 名稱 |
| 2 | 選擇物種（如人類、小鼠、果蠅等） |
| 3 | TargetScan 分析 miRNA 與基因組中潛在靶點(diǎn)的匹配情況 |
| 4 | 根據(jù)保守性、結(jié)合自由能等因素排序輸出結(jié)果 |
| 5 | 提供詳細(xì)的靶基因列表及預(yù)測(cè)評(píng)分 |
四、TargetScan 的優(yōu)勢(shì)與局限性
| 優(yōu)勢(shì) | 局限性 |
| 基于大量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，預(yù)測(cè)結(jié)果較為可靠 | 無(wú)法預(yù)測(cè)非保守靶點(diǎn)或新發(fā)現(xiàn)的 miRNA |
| 支持多種物種，適用范圍廣 | 依賴于已有的數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)新基因預(yù)測(cè)能力有限 |
| 結(jié)果直觀，便于后續(xù)分析 | 不提供實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證建議 |
五、總結(jié)
TargetScan 是目前 miRNA 功能研究中不可或缺的工具之一。它不僅能夠幫助研究人員快速識(shí)別 miRNA 的潛在靶基因，還能通過保守性和結(jié)合能分析提高預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。盡管其存在一定的局限性，但其在科研領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用仍使其成為 miRNA 研究的重要參考依據(jù)。
附：TargetScan 預(yù)測(cè)結(jié)果示例（簡(jiǎn)化版）
| miRNA 名稱 | 靶基因名稱 | 種子區(qū)匹配 | 保守性評(píng)分 | 結(jié)合自由能（kcal/mol） | 預(yù)測(cè)可信度 |
| miR-21 | PTEN | 是 | 高 | -12.3 | 高 |
| miR-124 | BDNF | 是 | 中 | -9.8 | 中 |
| miR-155 | CEBPβ | 是 | 高 | -10.5 | 高 |
| miR-146a | IRAK1 | 否 | 低 | -6.2 | 低 |
通過 TargetScan 工具，研究者可以更高效地探索 miRNA 的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，為疾病機(jī)制研究、藥物開發(fā)等提供重要線索。