我們的微生物群落(生活在我們周圍，周圍的微生物的復(fù)雜群落)受我們飲食，習(xí)慣，環(huán)境和基因的影響，并且已知會(huì)隨著年齡而變化。反過來，眾所周知，我們的微生物群組成，尤其是在腸道中，對(duì)我們的健康有影響。例如，腸道微生物組組合物已與炎癥性腸病，自身免疫性疾病，肥胖癥，甚至神經(jīng)系統(tǒng)疾病如自閉癥有關(guān)。

給定微生物樣本(皮膚，口腔或糞便拭子)，研究人員已證明，他們現(xiàn)在可以使用機(jī)器學(xué)習(xí)以不同的準(zhǔn)確性來預(yù)測(cè)一個(gè)人的年齡。皮膚樣本可提供最準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)，正確估計(jì)時(shí)間約為3.8年，而口服樣本為4.5年，糞便樣本為11.5年。與老年人(60歲及以上)的比較微生物組相比，生活在年輕人(18至30歲)的口腔或腸道內(nèi)的微生物種類往往更加多樣化和豐富。

現(xiàn)在，可以將皮膚和其他地方(“微生物群年齡”)中存在的微生物群落組成與您的生物學(xué)年齡相關(guān)聯(lián)。圖片來源：加州大學(xué)圣地亞哥分校

mSystems發(fā)表的一篇論文中描述了這種預(yù)測(cè)工具，它是加利福尼亞大學(xué)圣地亞哥分校的研究人員與IBM合作開發(fā)的。

共同資深作者鎮(zhèn)江說：“這種將微生物與年齡相關(guān)聯(lián)的新能力將幫助我們進(jìn)一步研究微生物在衰老過程和與年齡有關(guān)的疾病中所起的作用，并使我們能夠更好地測(cè)試針對(duì)微生物組的潛在治療性干預(yù)措施。” Xuch Xu博士，在撰寫本文時(shí)，他是UC圣地亞哥醫(yī)學(xué)院的實(shí)驗(yàn)室的博士后研究員，共同資深作家Rob Knight博士，加州大學(xué)圣地亞哥分校微生物學(xué)創(chuàng)新中心的教授兼主任。

該團(tuán)隊(duì)的最終目標(biāo)是創(chuàng)建類似的機(jī)器學(xué)習(xí)模型，以關(guān)聯(lián)微生物組和臨床狀況，例如自身免疫狀況中的炎癥。這種方法有一天可能成為基于非侵入性微生物組的測(cè)試的基礎(chǔ)，該測(cè)試可能有助于臨床醫(yī)生更好地診斷或評(píng)估患者患病的風(fēng)險(xiǎn)。

在2014年的一項(xiàng)研究中，華盛頓大學(xué)的研究人員比較了“微生物年齡”(即糞便微生物組預(yù)測(cè)的年齡)和出生后最初幾個(gè)月營(yíng)養(yǎng)不良嬰兒的實(shí)際年齡。研究人員指出，時(shí)間和微生物年齡之間的差異與兒童的發(fā)育成熟程度有關(guān)。在這項(xiàng)新研究中，加州大學(xué)圣地亞哥分校的研究人員將這一想法更進(jìn)一步，以查看這種關(guān)聯(lián)是否可以應(yīng)用于成人，以及如何廣泛地推廣到其他身體部位。

Xu認(rèn)為，一個(gè)好的統(tǒng)計(jì)模型最重要的要求之一是要有大樣本量和有代表性的種群。為此，研究人員挖掘了一些公民科學(xué)項(xiàng)目(例如美國(guó)腸道項(xiàng)目)的公共數(shù)據(jù)庫(kù)中提供的微生物組測(cè)序數(shù)據(jù)，參與者通過糞便，唾液或皮膚拭子進(jìn)行郵寄，接收其個(gè)性化的微生物組讀數(shù)，并將其匿名化。數(shù)據(jù)發(fā)送給科學(xué)界。

該研究依賴于來自美國(guó)和中國(guó)的4,434份糞便樣本，來自美國(guó)，加拿大，英國(guó)和坦桑尼亞的2,550份唾液樣本以及來自美國(guó)和英國(guó)的1,975份皮膚樣本。研究中所用數(shù)據(jù)的參與者年齡不同年齡介于18至90歲之間，體重指數(shù)為18.5至30，沒有發(fā)炎性腸病或糖尿病，并且在采樣前至少一個(gè)月未使用抗生素。該研究還排除了懷孕，住院，殘疾或重癥患者。

“這是迄今為止微生物組和年齡的最全面的研究，”第一作者，騎士實(shí)驗(yàn)室和加州大學(xué)圣地亞哥分校微生物學(xué)創(chuàng)新中心的博士后研究員史煌博士說。

研究小組發(fā)現(xiàn)腸道微生物組結(jié)果中存在性別差異，但是就口腔和皮膚微生物組結(jié)果而言，男性和女性之間沒有差異。盡管存在于人體不同部位的微生物種類繁多，但從前額還是從手上采集皮膚樣本也沒有任何區(qū)別，這意味著未來的皮膚微生物組研究可以通過結(jié)合采集部位和性別來提高其統(tǒng)計(jì)能力。

研究人員說，生存在我們皮膚上的微生物隨著年齡的增長(zhǎng)而持續(xù)變化的潛在原因之一是由于每個(gè)人都經(jīng)歷了可預(yù)見的皮膚生理變化，例如血清生成減少和干燥度增加。

“我們的結(jié)果的準(zhǔn)確性證明了應(yīng)用機(jī)器學(xué)習(xí)和人工智能技術(shù)更好地了解人類微生物組的潛力，” IBM與他人合作開展的“人工智能健康生活計(jì)劃”計(jì)劃主任，合著者Ho-Cheol Kim博士說。 IBM AI Horizo??ns Network下的Research and UC San Diego。“將該技術(shù)應(yīng)用于未來的微生物組研究可以幫助深入了解微生物組如何影響我們的整體健康與從神經(jīng)病學(xué)到心血管疾病和免疫健康等多種疾病之間的相關(guān)性。”

加州大學(xué)圣地亞哥分校微生物學(xué)創(chuàng)新中心生物信息整合副主任YoshikiVázquez-Baeza博士說，年齡預(yù)測(cè)是一種用于訓(xùn)練預(yù)測(cè)模型的極具吸引力的方法，因?yàn)閰⑴c者無需滿足特殊標(biāo)準(zhǔn)即可成為樣本捐贈(zèng)者，評(píng)估年齡通常不需要去醫(yī)院。

Vázquez-Baeza說：“其他針對(duì)一種特定疾病的研究，例如炎癥性腸病，往往很難吸引到足夠的符合研究標(biāo)準(zhǔn)的參與者，并且愿意參與以得出有意義的結(jié)論。” “但是在這里，年齡預(yù)測(cè)的廣泛適用性使我們能夠以前所未有的規(guī)模探索微生物建模的局限性。”

奈特說：“學(xué)習(xí)如何創(chuàng)建基于微生物組的準(zhǔn)確而強(qiáng)大的模型將為許多生物技術(shù)應(yīng)用打開方便之門，并幫助我們更好地了解某些細(xì)菌與感興趣的結(jié)果之間的關(guān)系，”奈特說。

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